Sejak Kyai Modjo ditangkap dan pada Nopember 2008, pada awal tahun 1829 Diponegoro menyatakan kesediaannya berunding tanpa melepas tuntutannya untuk tetap diakui sebagai panatagama. Berturut-turut, sesudah itu menyerahlah Pangeran Mangkubumi (September 1829), dan Sentot (Oktober 1829), yang menyatakan siap sedia mencurahkan tenaga bagi bala tentara Belanda.
Tertangkapnya Kiay Modjo pada tanggal 12 Nopember 1828 memberikan pukulan yang berat pada Pangeran Diponegoro. Sebaliknya Belanda sangat bersuka cita karena dengan demikian pilar utama Pangeran diponegoro sudah runtuh. Tinggal dua pilar Pangeran Diponegoro yang harus dilumpuhkan yaitu panglima pemberani; Sentot Alibasyah Prawirodirdjo (saat itu berumur sekitar 20 tahun) dan Pangeran Mangkubumi.
Belanda berusaha mengontak Sentot dan memberikan janji yang muluk-muluk agar mau menghentikan perlawanan. Sentot terpengaruh dan pada tanggal 17 Oktober 1829 Sentot menghentikan perlawanan. Barangkali karena umurnya yang masih belia dan dendamnya sudah tersalurkan, ia akhirnya, dengan imbalan materi dari Belanda, bersedia meletakan sejata pada tanggal 17 Oktober 1829. Bahkan selanjutnya sebagai tentara bayaran Belanda, Sentot dikirim ke Sumatra Barat memerangi saudara muslimnya sendiri dalam perang Padri. Usaha Sentot untuk kembali ke Jawa setelah usai perang padri tidak dikabulkan oleh Belanda. Dan di Bengkulu Sentot menghembuskan nafasnya yang terakhir pada tanggal 17 April 1855 dalam usia 48 tahun.
Pangeran Mangkubumi yang saat itu sudah berusia sepuh (70 tahun) dan anak istrinya disandera oleh Belanda akhirnya menyerah pada tanggal 28 September 1829.
Dengan tertangkap dan menyerahnya tokoh-tokoh pendukung utamanya maka posisi Pangeran Diponegoro menjadi sangat sulit sehingga mudah bagi Belanda memperdayainya. Dengan menggunakan cara yang sama ketika memperdayai Kiay Modjo dan Sentot, Belanda kembali menyusun siasat untuk menangkap Pangeran Diponegoro.
Pangeran Diponegoro yang paham bahwa posisinya sudah lemah akhirnya bersedia berunding dengan Belanda. Dengan menggunakan pengaruh kebangsawanannya dan pimpinan perang tertinggi beliau berusaha mempengaruhi Belanda untuk tunduk pada keinginannya sebagai kompensasi perdamaian, atau akan terus berperang. Namun Belanda menganggap ancaman Diponegoro tersebut sebagai gertakan saja. Belanda tidak akan membiarkan kesempatan ini berlalu; Pangeran Diponegoro harus ditangkap tanpa syarat.
Pada Februari 1830 terjadi perundingan antara Pangeran Diponegoro dengan Van de Kock. Perundingan itu sempat ditunda karena Diponegoro tak bersedia berunding selama bulan puasa. Diponegoro diundang ke Magelang untuk berunding dengan jaminan, jika perundingan gagal, maka Diponegoro dibolehkan kembali ke tempatnya dengan aman. Perundingan diadakan pada saat perayaan Idul Fitri tanggal 28 Maret 1830. Namun sebenarnya perundingan itu adalah jebakan belaka karena de Kock sudah mengatur siasat liciknya yaitu sebelum memasuki wilayah perundingan pasukan Diponegoro dilucuti senjatanya. Pangeran Diponegoro diundang ke rumah Residen Kedu di Magelang guna meneruskan perundingan antara pihak Pangeran Diponegoro dan pihak Belanda, namun tidak tercapai kesepakatan. Ketika pihak Pangeran Diponegoro akan meninggalkan tempat perundingan untuk meneruskan peperangan, Belanda menggunakan kekuatan militernya dan memaksa Pangeran Diponegoro untuk menyerah atau dibunuh. Siasat licik Belanda untuk kesekian kali telah memperdaya Kiay Modjo dan Pangeran Diponegoro.
Dalam perundingan, Diponegoro ternyata masih berkeras dengan tuntutannya sehingga ia ditawan dan dibawa ke Ungaran, kemudian ke Semarang untuk selanjutnya 8 April 1830 sampai di Jakarta dan ditawan di Stadhuis, pada 3 Mei 1830 melalui pelabuahan Batavia diberangkatkan dengan kapal Pollux ke Manado. Di Manado ditawan di benteng Amsterdam, Pangeran Diponegoro hanya empat tahun karena Belanda menganggap penjagaan di Manado kurang kuat.
Diponegoro dipindah ke benteng Rotterdam di Makasar (kini Ujungpandang) tahun 1834, sampai wafatnya, 8 Januari 1855, dalam usia 70 tahun, dan dimakamkan di kampung Melayu Makassar.
Demikianlah peristiwa penangkapan Pangeran Diponegoro. Selanjutnya Pangeran Diponegoro dan pengikutnya dibawa menuju Semarang kemudian Batavia dan tiba di Batavia (Jakarta) pada tanggal 8 April 1830. Selanjutnya pada tanggal 3 Mei 1830 mereka diberangkatkan dari Batavia menuju Manado dengan menggunakan kapal Belanda “Polux”. Selain Pangeran Diponegoro dalam kapal tersebut juga ikut istrinya (RA Ratnaningsih), saudara wanita dan suaminya (RA Dipasana, Tmg.Dipasana), pengawal dan pelayan laki-laki (Wangso Taruno alias Sataruno, Anggamerta, Rajamenggala, Rata Djoyosuroto, Bambang Mertosono alias Merta Leksono, Achmad Banteng Wareng, Saiman, Kasiman, Tiplak, Nurhamidin), pengikut perempuan ; Nyai Dula (ibu dari Rata Djoyosuroto), Nyai Anggamerta, Nyai Sataruna, Sarinten, Truna Danti, Nyami). Sedangkan anak-anak Pangeran Diponegoro tertinggal di Jawa. Rombongan Pangeran Diponegoro tiba di Manado pada tanggal 12 Juni 1830 dan di tahan di Benteng Belanda “Amsterdam” selama 4 tahun. Selama di Manado Pangeran Diponegoro tidak pernah bertemu dengan Kiay Modjo yang berada di Tondano. Dilaporkan waktu di Manado Pangeran Diponegoro mengirimkan bantuan uang kepada Kiay Modjo, tetapi dikembalikan lagi oleh Kiay Modjo. Pada tahun 1834 Pangeran Diponegoro berikut pengawal dan pelayannya dipindahkan ke Makasar (Ujungpandang) dan ditahan di Benteng “Roterdam” hingga wafat di sana pada tanggal 8 Januari 1855 dalam usia 70 tahun.
Pada selang tahun 1835 – 1840 sebagian pengikut Pangeran Diponegoro yang laki-laki (Sataruno, Djoyosuroto, Mertosono, Nurhamidin, Banteng Wareng) kembali ke Manado (Kampung Jawa Tondano) kemudian menikah dan memiliki keturunan di sana.
